La prima notizia certa della chiesa ci viene da una bolla che papa Urbano III aveva inviato a Vicenza al vescovo Pastore, nell'anno 1186. La cappella di S.Stefano era una delle sette cappelle della città rette da sette cappellani dipendenti dal capitolo della cattedrale.
Nel 1459 la chiesa presentandosi ormai fatiscente, fu demolita con perdita di tutte le opere contenute; nello stesso luogo venne costruita una nuova chiesa che ben presto venne arricchita di cappelle laterali grazie anche a lasciti di importanti famiglie quali i Pagello, i Sesso, i Capra. La chiesa, grazie ai beni propri, fu autonoma fino al 1595, quando il parroco don Girolamo Pisani rinunciò al proprio diritto a favore dell'ordine religioso fondato da Gaetano Thiene. Alla fine del 1600 la chiesa di S. Stefano, la più importante della città , era insufficiente ad accogliere il gran numero di fedeli. Fu deciso di ricostruirla. Inizialmente fu incaricato l'architetto teatino Guarino Guarini che progettò un edificio maestoso, spostando il prospetto principale su corso Andrea Palladio. Il comune non autorizzò lo spostamento per l'eccessivo costo preventivato. Vennero fatti venire da Roma dei disegni per una chiesa meno maestosa. Nel frattempo i teatini decisero di costruire una propria chiesa abbandonando S.Stefano, la cui ricostruzione iniziò il 25 giugno 1695 con la direzione dell'architetto Carlo Borella. Le enormi spese e le difficoltà economiche del comune protrassero la conclusione dell'opera fino al 1764. Le truppe napoleoniche, arrivate a Vicenza il 27 maggio 1797, depredarono tutte le chiese; a S. Stefano rubarono la famosa statua in argento del santo, due grandi vasi e il parapetto sempre in argento. Furono fusi in verghe e inviate in Francia. Nel 1895 venne costruita la grande cupola che rese l'edificio il secondo più alto della città . La chiesa, chiaramente ispirata al barocco romano, ha una bella facciata in pietra di Vicenza. Lo stemma della città è visibile al centro del timpano spezzato. Cinque le statue che ornano la facciata: i santi Stefano, Vincenzo e Gaetano e la rappresentazione della giustizia e della sapienza. L'interno è a una sola navata con pareti in marmorino. Quattro enormi archi sorreggono la grande cupola. Sulle pareti del presbiterio sono collocate dei grandi dipinti, opera di Maffei e Maganza, Palma il vecchio, Tintoretto, Arrigoni e Chiesa. Il tabernacolo si presenta decorato con tre importanti tavole lignee di Giandomenico Tiepolo. Adriano Bevilacqua